Как сделать, чтобы окна разных профилей не группировались на панели задач?
Выключать группировку не вариант, так как в некоторых профилях очень много окон.
Сейчас получается, что когда запускаешь несколько профилей - все окна группируются в один список на панели задач.

Используй вкладки, а не окна. Или установи MinimizeToTray и оуна у тебя в трей сворачиваться будут. а тама ни групировки ни длинных еадписей

Спасибо, но несколько сот вкладок в одном окне как-то совсем тяжко окучивать - так что не вариант.

А MinimizeToTray позволяет из трея открыть нужное окно сразу? Его можно будет поставить только на 1 из профилей?

Ставь на сколько хочешь. Каждое окно будет сворачиваться в свой значок в трее.

Faviconize Tab тебе в помощь. Поставь в настройках расширения чтобы он тебе все вкладки скукоживал.