Здравствуйте.
Существует ли документация по разработке тем (скинов) для Thunderbird?
Можно, конечно, разобрать уже имеющуюся и на ее структуре составить свою, но не хочется что-нибудь пропустить.

Хм... Не самое подходящее время делать скины для Thunderbird...
В Thunderbird 3 ещё не заморожены все строки, а делать тему для Thunderbird 2 нет смысла.
Когда выйдет Thunderbird 3.0 RC1, тогда можешь начинать.
Кстати, в нём кроме новой иконки могут изменить дефолтную тему, т.к. беты пока что идут со скином от 2.
Документация та же, что и для Firefox. (Извлекаешь и упаковываешь снова в .Jar архив)
Пока можешь пользоваться Персонасом, он совместим c Thunderbird 3.0b4pre (но не с 2!)
Но если у тебя так чешутся руки состряпать скин, попробуй сделать его для SeaMonkey . Там вряд ли уже что-либо изменят.