На компе стоит Win и Ubuntu в обоих Thunderbird/Lightning использует один профиль. Календари подключены к Google Cal.
В какой-то момент Lightning перестал показывать все календари.

Может можно как-то сбросить настройки Lightning, чтобы заново его сконфигурировать

Upd
Выглядит это так:

Перестал показывать в списке календарей или только события?
Если только события, придется на каждом календаре жать правую кнопку, выбирать свойства и отмечать галочку "Включить календарь" (самая первая).
Почему так происходит - не знаю, но в последнее время довольно часто переставало показывать события из Google Calendar.

Да дело как раз в том, что в разделе "календари" - пусто, вообще ничего нет... ну и событий соответсственно тоже нет.

Было у меня что то похожее... Только как решил - не помню (вроде как экспортировал локальный календарь, сносил профиль, импортировал локальный и добавлял календари гугла).

Та же проблема возникла. Но под виндой все работает. Использую Portable версию. Даже под wine работает нормально.

Попробуй поставить обновление через менеджер пакетов, не скачивая .xpi файл.
Или консоль: sudo apt-get install lighting-extension
И будет тебе счастье