Сегодня обновил Firefox до версии 3.5.1. После этого внешние ссылки на сайтах и ссылки в поисковиках начали открываться в новом окне, а не в новой вкладке. Настройки я не менял. Отключал расширение tab mix lite ce, но это не помогает. 
FFUser665 пишет
настройки-вкладки ставим галку на открывать вместо окон вкладкиесли стоит то галку снимаем жмём применить и ставим заново
Не работает.