Необходимы подобные фильтры. При приходе письма на определенный ящик, если тело или заголовок удовлетворяют определенному регэкспу, то в другой файл сделать определенную запись (к примеру какую то строку из письма). По сути мне нужно при приходе письма запускать какой-нибудь скрипт (на каком-нибудь языке) с возможностью записи в файл.
Есть ли такое в плагинах или для этого надо своё разрешение писать?

Для такого вообще не надо пользовать Thunderbird. Есть же fetchmail и procmail