Первый ящик импортировал.
Завожу второй и не имею возможности задать выбрать из меню другой smtp.
Как быть?

Не знаю, как другие - я ничего не понял. Откуда и как импортировали? Как пытаетесь создать второй? Из какого меню? Вообще надо для каждого почтового ящика создавать свою учетную запись со своими настройками, в том числе SMTP.

dm412

dm412. Вы так делали?:
Инструменты -- В параметрах учетной записи в самом низу (там где большие кнопки - добавить учетную запись.., установить по умолчанию, удалить учетную запись) - сервер исходящей почты, добавить нужные если необходимо.  Сохранить параметры.  В параметрах учетной записи нажать один раз левой кнопкой мышки на имени  учетной записи в левом поле с полосой прокрутки. В правой зоне найти сервер исходящей почты и нажать на пиктограмму кнопки с треугольным указателем,  появится выпадающий список, выбрать то что нужно.

Миграция: http://forum.mozilla-russia.org/doku.php?id=thunderbird:emigrantmanual
Можете глянуть настройку с картинками здесь.
http://wiki.ukr.net/%D0%9F%D0%BE%D1%87%D1%82%D0%B0/SMTPPOP3/Thunderbird
http://mail.goon.ru/hlp/mozilla.phtml?t=2

Если все правильно. И  проблема осталась.  Можно попробовать решить проблему так.
Читаем:
http://forum.mozilla-russia.org/doku.php
http://www.z-a-recovery.com/rus-thunderbird-email-database.htm
http://habrahabr.ru/blogs/mozilla/43703/

Бэкап с помощью MozBackup профиля почтового клиента,  еще  просто копируйте папку профиля, например на рабочий стол. При необходимости запишите отдельно данные для доступа к почтовому ящику и прочее нужное. Для надежности деинсталлируйте почтовый клиент (Thunderbird), удалите оставшийся от него профиль  (можете пройтись  программой для очистки реестра, если обычно ими пользуетесь).  Установите Thunderbird, создайте нужную учетную запись, настройте. Файлы почтовых баз переносите из сохраненного ранее профиля в новый.  Возможно есть и другой метод, но мне нравится этот.  Появляется,  просто исключительное, ощущение чистоты и свежести:)

п. 2.1 и 2.2