На панелях сверху (где меню) убираю дефолтную панельку поиска и ставлю закладки, потом перезапускаю FF и все сбрасывается - никаких закладок, зато панелька поиска вернулась.

Может это баг?

:::: Mozilla/5.0 (X11; U; Linux x86_64; en-US; rv:1.9.0.5) Gecko/2008121623 Ubuntu/8.10 (intrepid) Firefox/3.0.5

Попробуйте удалить файл localstore.rdf в папке профиля при выключенном Fx.

изменил
Sergeys

stoneflash пишет

файл locstrore.rdf

localstore.rdf

Удалил, все настройки панелей наверху сбросились, перенастроил как хотелось бы, после перезапуска опять сбрасывается (причем не до дефолтного состояния - у меня Bookmarks Toolbar скрыта - она скрытой и остается, а все остальное до дефолта).