После очередного апгрейда до версии 2.0.0.9 у меня исчезли все закладки! О ужас!
Какие меры необходимо предпринять, чтобы восстановить их? Я представляю себе два варианта либо откат системы назад, либо что-то пошарудить в профиле. Только вот что именно???

Provizor
В профиле есть папка bookmarkbackups

Пожалуйста, пользуйтесь Поиском, Wiki и FAQ. это одна из самых популярных тем. Все уже обсуждалось, и не раз.
От себя могу добавить: во-первых, посмотрите в меню закладок, у Вас могло возникнуть две папки панели закладок - называющаяся по-русски и по-английски. Если закладки не в той которая реально отображается на панели, они не исчезли.
Поставьте расширение Bookmarks Backup и настройте бэкап в том числе настроек, паролей и куки - на всякий случай.