Как указать TB относительный путь в файлу подписи?
Пробовал сделать "%appdata%\Thunderbird\Profiles\mve1z0xd.default\Подпись.txt", но TB его меняет на Program Files...

Это нужно для того, чтобы переносить профиль и не вспоминать, что там еще остались настройки требующие копирования файлов и ручной настройки.

положить его в системонезависимое место.
хоть в корень С , хоть на какой нибудь другой диск.

Я писал выше, что мне нужно положить его в профиль, чтобы не копировать вручную при переносе профиля в следующий раз.

Так положите его в папку профиля, и выберите в параметрах учетной записи путь к файлу подписи в этой папке. А если вы просто меняли путь в строке, то не получится, - ТВ сам по себе файлы не переносит.

У меня файл подписи лежит в профиле Thunderbird. При переносе профиля на другое место подпись по-прежнему работает, видимо из-за того, что в файле настроек [prefs.js] указан как абсолютный, так и относительный путь к файлу подписи, например:

user_pref("mail.identity.id1.sig_file", "D:\\Thunder\\sign.txt");
user_pref("mail.identity.id1.sig_file-rel", "[ProfD]sign.txt");

Ты на другой диск переносил? Абсолютный путь поменялся сам?

Да, все так. Абсолютный путь поменялся после открытия того окна настроек, где он задается. Но подпись добавляется всегда, вне зависимости от того, на каком диске находится профиль.
Кстати, в файле настроек (prefs.js) путь к каталогу, где хранится почта, тоже и относительный и абсолютный:

user_pref("mail.root.pop3", "D:\\Thunder\\Mail");
user_pref("mail.root.pop3-rel", "[ProfD]Mail");

Версия Thunderbird 1.5.0.10 ru.