#search input {
     color: #000000;
     background: #ff0000;
     border: 1px #000000 solid;
     margin: 0px 1px 0px 0px;
     height: 20px;
}

Проблема в том, что в ie инпуты одного размера в ff и opera прыгают text больше submit'a

Поясните.

CSS 2.1 does not define which properties apply to form controls and frames, or how CSS can be used to style them. User agents may apply CSS properties to these elements. Authors are recommended to treat such support as experimental. A future level of CSS may specify this further.

CSS 2.1 §3.2 UA Conformance

Подгонка размеров INPUT'ов это всегда шаманство. Попробуйте padding обнулить и поиграться с line-height

надо уменьшить размер шрифта и высоту линии. либо увеличить высоту инпута.