В версии 1.5.x была рабочая автоматическая конфигурация:

all-thunderbird.js:
pref("general.config.filename", "thundweb.cfg");
pref("general.config.vendor", "thundweb");


thundweb.cfg:
lockPref("general.config.vendor", "thundweb");
lockPref("autoadmin.global_config_url", "http://mozmail/thundweb.js");


Остальные настройки брались с HTTP сервера и LDAP

Кто-нибудь может сказать, почему это не работает в версии 2.0?
Это намеренно сломанная фича или появились новые варианты настройки? Где можно узнать?

Хм, документации  по этому немного.
Взгляните на http://mit.edu/~thunderbird/www/maintainers/autoconfig.html может поможет.

Спасибо. Помогло. Оказалось, проглядел один параметр в конфиге.