Установил версия 2.0.0.0 (20070326).
Сообщения метятся как Спам, но никуда не уходят и папки Спам нет. Создал вручную папку Спам, но сообщения и туда не уходят. В чем дело, подскажите пожалуйста?

У меня та же самая проблема решилась следующим образом.
Способ № 1: Настройки - Приватность - вкладка Антиспам - Отметить "Когда я помечаю письма как спам:" -  Удалять их. Но тогда спам будет находиться в папке Удаленные.
Способ № 2 (лучший, на мой взгляд): Параметры учетной записи - Настройки анти-спам фильтра - Перемещать новые сообщения, определенные как спам, в папку "Спам" такой-то учетной записи. Тогда, когда вы помечаете письма как спам, создается папка "Junk", куда перемещается спам.

Спасибо, все действительно оказалось просто. Я в параметрах учетной записи не указал правила учета спама.
Хотя, на мой взгляд, если в общих настройках Thunderbird я указал помещать спам в отдельную папку, зачем еще от меня требовать дополнительного указания в учетной записи, но это уже к разработчикам.