При запуске пункта меню "запустить в папке фильтры" происходит следующее: примерно 90% сообщений сначала помечаются как спам, переносятся в папку спам и метка о том, что это спам исчезает. Причем в журнал спамфильтра ничего не пишется. Совершенно не ясно в чем может быть дело.

Bbbosss
Инструменты => Фильтры сообщений => проверь, может есть фильтр, который должен по твоей идее делать одно (скажем перемещать письма в папку "ааа"), а он случайно (по ошибке) настроен перемещать их в спам?
Те письма, которые засекаются спам-фильтром имееют статус "спам", и после перемещения в соотв-ю папку этот статус не теряют.

Нет, в том то и дело, что фильтры перепроверяли раз сто. Действительно, может не корректно работают фильтры?