Вопрос, собственно. :)

Честно говоря, я кроме как TC в Windows и Krusader в Linux ничем и не пользовался. может быть я чего-то упускаю...

Если просто по сетке полазить то через, Firefox. А вот если заливать, тогда Filezilla portable меня утраивает.

gFTP

Total Commander + Firefox с FireFTP

TC. Не люблю на Фокса много расширений вешать. А TC в хозяйстве вещь полезная, так что и не только для фтп пригождается

SmartFTP :) просто, удобно и бесплатно :) TC не использовал, потому что к каталогу просили подключаться через TLS, а в TC плагин нормально установить не получилось... :)

Тоже ТС. Иногда FAR. Поползать по сайту, чтоб просто скачать — Opera.
Раньше CoreFTP и/или CuteFTP (не помню уж) пользовался, но как-то отпала в них нужда...

Krusader.
Когда была винда - юзал TC

К сожалению, ничего лучше FlashFXP пока не нашел. Там есть закладки, деревья, лог, там логичная работа с запросами и их бэкап. Неплохая штука FileZilla, но мне совершенно не подходит, так как не видит локальной сети. (Никакого смысла дома пользоваться одной программой, а на работе другой не вижу.) Для скачивания еще использую Download Master.

Скачиваю FlashGet, а с выгрузкой никак не остановлюсь на чём-то окончательно.
И Total Commander использую и ещё кучка установлена всякого:
CatfoodFTP
EmFTP
FileZilla
FTP Synchronizer
WS_FTP
FlashFXP
FTP Voyager
FtpDrive
ещё несколько пробовал - удалил...

Total Commander
CuteFTP
браузер
в консоли ftp

gftp

MicroFTP_v2.3ru
Легка и проста.Всего 375 кб.

От FTP полностью отказался пару лет назад. Использую SSHFS, соответственно, монтирую на локальную файловую систему через fuse-sshfs и потом работаю с удалёными файлами как с локальными.

Файловый менеджер - Total Commander.
Имхо это самое удобное и функциональное.

Я CuteFTP, Total Commander и иногда SmartFTP :)