Собственно , у меня такой вопрос : Можно ли сделать так, чтоб в панеле загруженых файлов firefox отображались и те файлы , которые я закачал с помощью FlachGot ( + Download Master )

Вряд ли, ведь ты качаешь их сторонней программой, у нее свои логи.