У меня была аналогичная проблема: Firefox не сохранял пароли, после очередного запуска их почему-то не было в менеджере паролей. Решил я ее так: удалил из профиля файл signons.txt,  потом зашел на все сайты, которые требуют авторизации, и сохранил заново все свои пароли.  Пока все работает, менеджер сохраняет новые пароли и не теряет старые. ;)