спасибо, решено

когда стоит галочка оставлять копии сообщений на сервере, в файле prefs.js(место его расположения зависит от того где у вас хранится профиль) появляются вот эти 2 строки:
user_pref("mail.server.server1.delete_by_age_from_server", true);
user_pref("mail.server.server1.delete_mail_left_on_server", true);
если галочки нет то и строк нет.

все что нашел в prefs.js:
[spoiler]user_pref("app.update.lastUpdateTime.addon-background-update-timer", 0);
user_pref("app.update.lastUpdateTime.background-update-timer", 0);
user_pref("app.update.lastUpdateTime.blocklist-background-update-timer", 0);
user_pref("app.update.lastUpdateTime.search-engine-update-timer", 1371535758);
user_pref("browser.cache.disk.capacity", 1048576);
user_pref("browser.cache.disk.smart_size.first_run", false);
user_pref("extensions.blocklist.pingCountVersion", 0);
user_pref("extensions.bootstrappedAddons", "{}");
user_pref("extensions.databaseSchema", 12);
user_pref("extensions.enabledAddons", "{972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd}:14.0");
user_pref("extensions.installCache", "[{\"name\":\"app-global\",\"addons\":{\"{972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd}\":{\"descriptor\":\"C:\\\\Program Files (x86)\\\\Mozilla Thunderbird\\\\extensions\\\\{972ce4c6-7e08-4474-a285-3208198ce6fd}\",\"mtime\":1371454450973}}}]");
user_pref("extensions.lastAppVersion", "