В Похожей проблеме мне помогла настройка архивации, но ящик POP3.
Делаю бэкап профиля птицы!!! Настраиваю архивацию, чтобы разбивал по годам- месяцам- внутри по папкам (вход, выход и др). Выделяю письма во входящих и жму архивировать. Аналогично прохожусь по остальным. В итоге создается Архив - в нем года - в них месяца - в них папки аналогично корневой. Размер профиля остается прежним, НО, вместо одного большого фала базы писем inbox, появится структура архива. В Вашем случае IMAP, структура архива, наверное спроецируется на сервер.

Всем доброго времени суток.
Нужна помощь.
Периодически падает thunderbird с ошибкой InvalidArrayIndex_CRASH. Падения не регулярные, чем провоцируются не вычислю. С утра до обеда может раз пять упасть. Во второй половине дня уже совсем не падет или очень редко.
Версия клиента Thunderbird 52.4.0, пытался лечить через контекстное меню папки - Свойства - "починить папку". Считал что это пересоздаст индексы. Не помогает.
Перенес профиль на другой диск, ничего не изменилось.