Прошу прощения за задержку с ответом.
Ставить рекомендованную Thunderbird 3.3a3 я не стал, сейчас объясню почему.
Перенеся профиль на другую машину и создав заново индексы я получил полностью рабочий поиск - все глюки исчезли. Различия между По было только в разрядности операционной системы: там где глюки стоит 64 битная windows 7, а там где их не оказалось - стоит 32-ух.
После возврата профиля на проблемную машину и повторения там операции с индексами (удалял msf файлы) глюки остались. Переустановил Thunderbird - глюки остались. Получается. что проблема только на конкретной машине. По итогу - сейчас на ней используется обычный поиск (он работает более чем прекрасно). После выхода следующего релиза отпишу здесь как это повлияло на ситуацию.

Спасибо за помощь и внимание.

Господа! Очень нужна Ваша помощь! До сих пор не смог найти никакого способа победить глюк!