У меня тоже замусорено, но боязно вручную почистить. У меня база за 2 с лишним года использования, после нескольких обновлений Thunderbird сталкивался с незагрузкой базы писем и дальнейшего лечения дублированием.. короче в мусоре уже не разобраться ) Было бы интересно получить утилиту чистки от дублирования и прочего мусора.