У меня такая же проблема - частые сообщения "Не отвечает сценарий". При этом запуск очередной страницы надолго зависает и заканчивается этим сообщением. Когда сообщение закрываешь все вроде работает. Раньше с ФФ 3.6.9 такая проблема была нечасто. После установки 3.6.10 - случается каждый день по нескольку раз. Думал это из-за некорректной работы плагина  FlashPlayer, когда-то давно я получал рекомендации установить новый плагин и проблема со сценарием отпадет. Переустанавливал, кстати, периодически и этот плагин плохо устанавливается с какими-то дополнительными замечаниями и предупреждениями. Тогда давно это сработало. А сейчас, новых версий плагина пока нет и не проверишь.

Я заподозрил конфликт с антивирусом, также, как сказано здесь выше. У меня Касперский Internet security 2010, к которому у меня давно претензии за то, что здорово тормозит работу, проводник, запуск программ и т.д. Написал все, что накипело к ним в поддержку. Они прислали извинения и предложили установить новую fix