На форуме по USDownoloader нашел такой совет
При стандартных настройках, FlashGot запускает usdownloader.exe для каждой ссылки. Но если выбрано больше 4 ссылок, USD начинает колбасить
А вот Решение:

USD может добавлять ссылки через файл usdownloader.add, где можно так же указывать папку, куда скачивать каждую ссылку. FlashGot может создавать файл со ссылками и выбирать папку, куда скачивать. Таким образом, я написал скриптик для WSH, который перелопачивает файл со ссылками от FlashGot'а, генерирует usdownloader.add с учётом выбранной папки для скачивания и запускает usdownloader.exe с параметром /addlinks: 

[spoiler]Код:

Shell   = new ActiveXObject("WScript.Shell");
FileSys = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");

switch (WScript.Arguments.Count()) {
   case 0:
      help();
      WScript.Quit();
   case 1:
      DestPath = "";
      break;
   default:
      DestPath = WScript.Arguments.Item(1);      if (DestPath.slice(-1) != "\\") DestPath += "\\";
};

LinkFile = W