Ящики не менялись, много лет работали исправно, на других ПК с таким же ящиком Mail.ru подобного не замечено, но не исключаю что там отключено обновление ТБ и другие версии клиента.
Дополнительно проверю версии.
Можно легко откатиться на другую версию, постарше? Просто скачать, удалить и заново поставить? Все профили подтянутся?

128.2.3esr

Как мне удалось выяснить, что большинство неисправностей со сжатием папок связано:
1) с антивирусом;
2) с индексацией писем;
3) с поврежденным ящиком;
4) с процессом сжатия.

Решения:
1. Добавить в исключения антивирусной программы папку профиля с ящиками MBOX. Или временно отключить антивирус, чтобы проверить, связно с ним или нет.
2. Удалить .MSF файлы индекса. Они будут воссозданы при первой загрузке TB.
3. Восстановите ящик по инструкции из http://kb.mozillazine.org/Compacting_folders#Real_fix.
4. В крайних случаях, если ничего не помогает, отключите сжатие через скрытые настройки "Настройки> Параметры> Редактор конфигурации", поставьте значение mail.prompt_purge_threshhold = False. В этом случае нужно будет самостоятельно делать сжатие папок, хотя бы раз в месяц "ПКМ > Сжать папку".

Любая информация будет ценной, но сейчас с уверенностью в 50% могу сказать, что это похоже СанБерд с оперативкой не так работает, как другие приложения. Например, когда у меня оперативка кончается, т.е. занято 1,5гб из 1,5гб, задачи тут же пропадают.
Самое противное, что из этого выходит, после освобождения памяти, задачи не возвращаются, требуется перезагружать комп.\

Вообще, где об этом написать, что бы это пофиксили?

to [R]u: это просто созданный на сервере календарь по средствам Санберда, он не удаленный получается, а сетевой. Т.е. без приложения я с ним работать не могу. Хотя есть приложения для установки веб календарей с задачами, но  их нужно отлаживать и перекапывать.