Можно воспользоваться простеньким perl-скриптом:

use MIME::Base64;
$encoded_string=<STDIN>;
$decoded = decode_base64($encoded_string);
print $decoded;

Затем выполнить следующую командную строку(Windows):

type encoded_text.txt | perl base64_decode.pl > decoded_text.txt

Где:
encoded_text.txt - Ваш зашифрованный файл
base64_decode.pl - perl-сценарий(код выше)
decoded_text.txt - имя расшифрованного файла