Имеет место некий глюк, предположительно в FF 3, в результате которого отключаются диалог предупреждения перед выходом и возможность сохранения сессии, а также недавно закрытые вкладки. Я всего-лишь поигрался с одной опцией - открываемыми при старте страницами, и вернул ее обратно - и вдруг все заработало! Настройки в диалоговом окне настроек до и после проблемы абсолютно одинаковы, но оно почему-то заработало. Вот только я не знаю точно, что же все-таки нужно было сделать для этого, вроде ничего особенного не делал: просто изменял опцию и перезапускал FF.
Предположительно, данная проблема наблюдается не у меня одного, а у большого числа пользователей, перешедших на третью версию (я знаю еще как минимум одного :)).