Меня также мучал этот вопрос... после Оперы это был не просто беспорядок а полная катастрофа... Вышел из положения так! В меню кликнем по "закладки" затем правой кнопкой мыши по "Управление закладками" там пункт "сортировка по имени" и общий список отсортирован! Также по каждой папке в списке...