Файл user.js располагается в каталоге вашего профиля. В нём устанавливаются разные свойства браузера. Часть из них описана на сайте http://www.mozdev.org Все значения переменных могут быть изменены и через about:config в строке адреса,есть только маленькая тонкость — когда вы создадите новый профиль или переустанавливаете Mozilla или Firefox вам будет необходимо заново вводить все эти значения. При использовании user.js достаточно будет только перенести этот файл.

user.js
    Файл конфигурации определяемый пользователем. Значения из этого файлы будут переписаны в файл pref.js при запуске Firefox. Главное отличие файла user.js от pref.js в том, что Firefox не может изменять значения задаваемые в user.js — это может сделать только пользователь. Этот файл не существует по умолчанию, вы должны создать его вручную