Вряд ли удалилась, просто пропала. Сохрани папку с письмами - наверное  в local settings-apllication data-thunderbird, и дальше поиском по форуму - есть решение, что с файлами - msf.

Что не делаю - Пропадают фильтры после перезапуска прогаммы.
И ещё не работают фильтры для исходящих.

Похожая тема поднималась, но решения там нет.
Хоть бы направление какое. Может есть какой плагин - менеджер фильтров?