Спасибо, все действительно оказалось просто. Я в параметрах учетной записи не указал правила учета спама.
Хотя, на мой взгляд, если в общих настройках Thunderbird я указал помещать спам в отдельную папку, зачем еще от меня требовать дополнительного указания в учетной записи, но это уже к разработчикам.