Это было так с задумано с какой-то версии.
Чтобы вернуть прежнее состояние нужно в about:config переключить
browser.newtabpage.activity-stream.improvesearch.handoffToAwesomebar в положение false

Когда приходят письма, но они автоматом через фильтр копируются в папку и выставляются как прочитанное.
При этом в таск баре отображается количество новых писем. Но при этом в папках не отображается в скобочках количество непрочитанных писем, например "inbox (3)"
И из-за этого даже не понятно в какой папке пришли новые письма, потому что не отображаются число ни на какой папке, а только в таск баре. Особенно если настроены фильтры на несколько папок. А если нажать на нужную папку, то цифра количества в уведомлениях пропадает.
Это выглядит как баг. До того как я не посмотрел в лог Activity manager и не понял что это отображается число новых писем, но они попали в папку, в которой отмечается как прочитанные.

Это правильно? По мне так логично что если письма отмечены как прочитанные, то уведомление не должно отображаться.

Thunderbird 102.2.1