У меня такая же проблема появилась при переходе с 1.5 на 2.0 (Win XP).
В 2.0 ссылки стали открываться в новом окне. TabMix Plus установлен и в настройках его выбрано Open in New Tab, но никакого эффекта нет.

Пока справляюсь с этим багом нажатием на ссылку колесом мыши, но как-то это мне не нравится...