Ну а файл с закладками то цел? - places.sqlite

Как вариант - создайте новый профиль в Firefox и засинхронизируетесь с сервером огнелиса - они восстановятся из сервера,
если вы конечно до этого использовали синхронизацию :D

------
... или в новый профиль из старого перенесите файл places.sqlite
а потом  при желании и др. файлы - пароли, поиск и пр.

п.с. видимо ваш этот профиль битый