у нас проблема ушла после перехода на свой почтовый сервак (подняли на Керио). Правда и там я лично пару раз словил этот глюк при отправке с админской почты, но это было в начале пути, возможно что-то было еще недонастроено. Так что Dzirt, похоже, прав - дело действительно м.б. в некорректном поведении яндексовского почтового сервера

Добрый день. У нас такая же проблема. Тоже связка Thunderbird+Yandex ПДД. Возможно, если найти общие точки в организации этой связки у нас и у вас, то получится локализовать проблемное место.
В общем, у нас большинство пользователей работает на терминале (тонкие клиенты) + несколько полноценных ПК. Проблема наблюдается и там, и там.
Используем перемещаемые профили, т.е. профиль почты храниться на другом сервере.
И на терминале, и на файлсервере установлен антивирус Kaspersky Security 10.1

Опишите, пожалуйста, что у вас. Или м.б. уже проблема решена?