Решил проблему.
Открыть about:config и посмотреть значения у
browser.chrome.favicons , browser.shell.shortcutFavicons и browser.chrome.site_icons должно быть true
Если после перезапуска Мозиллы true browser.chrome.favicons сбрасывается,то скорее всего этот параметр прописан в файле user.js  файла профиля Firefox. Данные из этого файла при старте Лиса пишутся в рабочий файл настроек prefs.js заменяя те значения, которые там были выставлены через about:config.Проверьте этот файл. Если в нем прописана эта настройка - замените ее значение на нужное.