При установленной галочке "Разрешить антивирусу помещать в карантин отдельные входящие сообщения" Thunderbird не сразу помещает поступающее письмо в папку Входящие, а сначала временно сохраняет его на диске в файле. Таким образом, если в письме вирус, то антивирус прибьет или поместит в карантин только этот файл в зависимости от настроек антивируса.
Раньше (а также теперь, когда эта галочка не установлена) бывало, что письмо с вирусом сразу попадало в папку Входящие, и антивирус по своему великому уму прибивал или помещал в карантин папку Входящие целиком, что жутко расстраивало пользователей.

arab
Это зависит от антивируса разумеется. В основном жаловались на Norton.
См. http://kb.mozillazine.org/Antivirus_software#List_of_compatible_and_incompatible_antivirus_programs