Если выделить папку Входящие, то показываются сообщения в папке Входящие из трех аккаунтов. См. первый скриншот. Обратите внимание на два последних сообщения.

Затем я удаляю эти два последних сообщения. См. второй скриншот - там уже сообщений нет.

Теперь я перехожу именно в тот аккаунт, из которого были эти два удаленных сообщения - и они там остались! См. третий скриншот.

Эта проблема наблюдается достаточно давно - просто руки дошли написать только сейчас.
Сейчас стоит версия thunderbird 3.1.2