Хотел бы использовать лису в качестве браузера на всех компах, которые использую, т.е. есть флешка, на нее заливаю лису, и хочу грузить ее на любом компе. НО файл, который указывает лисе на то, где лежат профили всегда в C:\Documents and Settings\$USER\Application Data\Mozilla\Firefox\profiles.ini

Получается что на каждом новом компьютере мне придется указывать вручную где лежит мой профайл (читай - на флешке). А это не очень удобно, т.к. не на всех компьютерах есть доступ на запись в указанный выше каталог, да и мусорить за собой не охота.

Можно ли указать лисе где брать этот profiles.ini, или же надо ее под себя компилировать?

Решение твоей проблемы — Portable Firefox.

http://portableapps.com/apps/internet/browsers/portable_firefox