Суть: свежеустановленный , с заново настроенным аккаунтом, при каждом запуске напрочь теряет все папки, вложенные внутри "входящих" и начинает их синхронизировать с начала.
По кнопочке "подписаться" нужные папки галочками отмечены, в настройках аккаунта тоже.

А какая версия thunderbird?

И какой почтовый сервер?

вот тут тоже самое обсуждали