В user.js это сделать легко, через двойной слэш //

А как это сделать в prefs.js? Через решётку тоже не получается.

prefs не предназначен для редактирования.
Если хотите просто попробовать другое значение какого-то параметра, можно сделать чтобы оно
сбрасывалось при перезапуске на дефолтное значение или значение, указанное в *.cfg
Например:
сбрасывать на значение, указанное в about:config — clearPref("xpinstall.enabled");
сбрасывать на значение, указанное в *.cfg — pref("xpinstall.enabled", false);
можно задать своё дефолтное значение в about:config — defaultPref("xpinstall.enabled", false);
https://forum.mozilla-russia.org/viewto … 15#p716315

Есть ещё вариант

/**/

Работает или нет — не знаю.

Открываете в ФФ простой редактор жабаскрипт, Инструменты --> ВебРазразработка --> Редактор Жабаскрипт,
Или жмёте Shift+F4.
Вы там увидите заготовку для скрипта, с уже закомментированным заглавием.
Отпишитесь, вы теперь нашли как комментировать строки?

/*
 * Это простой редактор JavaScript.
 *
 * Введите JavaScript, затем щёлкните правой кнопкой или выберите из меню Выполнить:
 * 1. Запустить, чтобы исполнить выделенный текст (Ctrl+R),
 * 2. Исследовать, чтобы вызвать для результата Инспектор Объектов (Ctrl+I), или,
 * 3. Отобразить, чтобы вставить результат в комментарий после выделения. (Ctrl+L)
 */

Как написал выше negodnik - "pref.js не предназначен для ручного редактирования".
Суть в том, что файл pref.js перезаписывается браузером при любом изменении параметров и при выходе из браузера. А закомментированные строчки браузером игнорируются при чтении файла и поэтому при перезаписи в новый файл не попадают.

Я вышел из положения с помощью user.js . Это не совсем то, что нужно, но хоть так.