написал код для Imacros, начальство увидело и хочет украсть((  можно ли сделать так чтоб часть кода выполнялся с моего сайта?

ИМХО, теоретически - да, но для этого нужно быть как минимум гуру в программировании
либо максимально запутать код, записав его в js и встроить какую-то защиту, но ее, соответственно, смогут и убрать (т.к. js некомпилируемый язык программирования), если будет желание искать и соответствующие знания