версия 38.2.0
в параметрах учетной записи есть антиспам фильтр но там я так понимаю лишь настройки. А где сама папка спама в интерфейсе thunderbird  куда отсеивание идет или оно в принципе начально не задано?

Она появляется, если включить антиспам фильтр.
Папку для отсеивания можно задать/поменять в настройках учетной записи.