В локальной сети установлен Thunderbird на нескольких десятках ПК. Все подключены к одному и тому же списку ящиков на разных серверах (в т.ч. на локальном). Проблема в том, что при изменении подписок на папки на любом ящике эти изменения распространяются на всех, а не только на того пользователя, где они были сделаны. Было бы удобнее, если бы у каждого пользователя были свои настройки подписок. Возможно ли это? Или такое поведение - особенность протокола, которую невозможно подкорректировать?

Что понимается под "тем пользователем"?

Пользователь в данном случае = Экземпляр Thunderbird, установленный на конкретном ПК.
Допустим, ящик example@yandex.ru подключен на ПК1 и ПК2. Если пользователь ПК1 отписывается от папки "Исходящие", то эта папка перестает отображаться не только у него, но и на ПК2. Чтобы ее восстановить, пользователь ПК2 вынужден у себя зайти в управление папками IMAP и поставить обратно галочку напротив "Исходящие", которую он НЕ убирал. Но после того, как он это сделает, в почтовике на ПК1 снова появится пресловутая папка. И так до бесконечности ))

С точки зрения IMAP-сервера пользователь - это его логин на сервер и совершенно не важно с какой программы/устройства идет запрос. У вас совершенно неправильное понимание сути работы почтового сервера и протокол обмена здесь совершенно никаким боком.