1. Можно ли каким-нибудь образом шифровать пароли, записанные ff?
2. Можно ли поставить мастер-пароль только на доступ к настройкам (или к сохраненным паролям)?

1. Использовать мастер-пароль

1. Использование мастер-пароля != шифрование паролей
2. ?

2. http://forum.mozilla-russia.org/viewtopic.php?id=47341 (блокирование доступа при помощи css).

nocturna пишет

1. Использование мастер-пароля != шифрование паролей

Вообще-то FF всегда(!) шифрует пароли. Другое дело, что без мастер-пароля ключ шифрования доступен всем.