после проверки антивирусом пропала инфа про закладки, то есть нет возможности управлять закладками и также не могу увидеть журнал посещений.
Как такое может быть и как исправить?

Вряд-ли это антивирус, скорее, чистильщик какой-нибудь. Почитайте о профиле, должно помочь.

удалил полность файерфокс и установил заново, только потерял все пароли и логины придется восстанавливать при помощи RoboForm2Go, который у меня без лицензии работает как запоминатель пар логин-пароль.