Объясните пожалуйста, зачем нужна папка Local Folders ? В чем ее смысл ?

Сваливать все в один виртуальный аккаунт

А когда не было возможности сваливать все в один виртуальный аккаунт ? Эта возможность появилась ведь только в последних версиях!

Ты должен сам решить, для чего она тебе нужна :)
А вообще, туда удобно  отфильтровывать письма, тем более, что эккаунты и адерса почты у тебя могут меняться, а Local Folders остаётся не изменным :)

Не означает ли, что если я перемещаю письмо из папки "Входящие" какого-либо аккаунта в папку Local Folders, то оно удаляется с почтового сервера ?

А зачем хранить письма на сервере, если только это не IMAP?

Например, чтобы я мог читать почту и на работе и дома!

Не означает ли, что если я перемещаю письмо из папки "Входящие" какого-либо аккаунта в папку Local Folders, то оно удаляется с почтового сервера ?

Если в опциях поставил "осавлять сообщения на сервере", то в любом случае не удалится.

Так вот, если эту опцию включить, то любое перемещение из папки Входящие удалит сообщение с сервера.

Так зачем её трогать, если этого не надо? :)

Сваливать все в один виртуальный аккаунт

К сожалению, я отказался от данной возможности в связи с большим количеством глюков.

А можно ли удалить "Локальные папки"? В случае, когда используется IMAP, наличие этих папок вызывает лишние вопросы у наивных пользователей.

Можно их скрыть:
В prefs.js найди строку типа:
user_pref("mail.accountmanager.accounts", "account1,account2,account3,account4,account5,account8");

Убери тот который соответствует "Локальным папкам"

нет, это не помогает.