Мне приходят письма закодированые обеими кодировками, но в списке входящим можно поставить только одну, а если она не подходи приходится менять в ручную, можно ли это автоматизировать, в The Bat  у меня не возникало таких проблем.

вид >> кодировка >> автоопределение >> русская
вот и все настройки, а птиц уже будет на автомате распознавать
имхо других методов не требуются

ЗЫ
бывают письма с таким вариантом оформления хидера и содержимым, на которых и мыш, и птиц, и оутглюк, и эдора, да и кто угодно из мылеров споткнётся

Похоже проблема действительно в письмах.